Les biocarburants posent des problèmes en dépit du grand enthousiasme qu'ils suscitent. Partis d'un bon sentiment, ceux-ci participent à la destruction de ce qui reste des forêts tropicales en les exploitant plus qu'auparavant, entraînant des effets secondaires dévastateurs pour la survie des espèces et des peuples autochtones. La Malaisie est en proie à la fièvre de l'huile de palme. Les perspectives que celle-ci offre en matière d'agrocarburants ont conduit à transformer d'immenses surfaces de forêt en plantations de palmiers, y rendant la déforestation définitive.

L'association Les amis de la Terre a publié en 2008 un rapport accablant sur l'impact de cette production. Le carburant produit à partir de l'huile de palme est moins cher que les autres et donc plus avantageux à cultiver de manière intensive.

Sébastien Godinot, coordinateur des campagnes aux Amis de la Terre  France, conclut dans ce rapport : « Accroître les ravages en Malaisie pour faire du carburant en Europe est totalement irresponsable. L’Union européenne doit abandonner tout objectif chiffré d’incorporation d’agrocarburants dans les  transports et se fixer comme priorité la réduction de la surconsommation de pétrole dans nos transports. C’est ce que nous demandons dans la campagne publique que nous venons de lancer en France avec le CCFD et Oxfam France. »